1.納米級均質機安裝
將高壓均質機置于平坦結實的桌面，就位后將高壓泵、均質閥、壓力表、單向閥、樣品罐等組件逐一安上（各組件相對獨立，可獨立拆卸和安裝）。與此同時，備好空氣壓縮機或氮氣罐以及循環冷卻水，空氣壓縮機或氮氣罐用以提供動態均質閥所需的極小壓力（5-10bar）以及管道沖洗時的壓力，循環冷卻水作為樣本制冷時的冷源，可保證樣本在均質過程中保持較低的溫度，避免樣本變性和失活。
2.納米級均質機清洗和消毒
在開機之前需檢查整個樣品通路，確保管路的清潔。將整個樣品通路中的各組件全部拆下，先用純水沖洗，再用0.5M NaOH短時間沖洗，后用溫水沖洗干凈即可。
待清洗干凈之后，可用熱蒸汽對各個組件進行消毒滅菌，亦可在安裝之后對管路進行10min左右的熱蒸汽循環滅菌。
3.納米級均質機操作
均質機啟動之前，檢查均質料液，確保不含雜質，雜質顆粒尤其是金屬顆粒會損害管路和均質閥，縮短均質機的使用壽命；檢查管路，確保各組件正確安裝和密封，各處螺栓已*鎖緊；檢查氣源（壓縮機或氮氣罐等），確保能提供工作時所需的壓力；檢查冷卻水，確保已按工藝要求提前制備好冷卻循環水，并接通冷卻水管路。上樣之前，將管路中殘存的少量液體*排空，然后將樣品導入樣品罐中，并在空壓下循環預均質兩遍。然后按工作要求提升均質壓力開始均質，待均質結束之后將壓力降為零，并排空料液。
4.納米級均質機維護
均質結束之后，立即用溫水0.5M NaOH循環清洗，后再用清水沖洗，在此過程中，可適當地加氣加壓沖洗，加快循環，使管路沖洗更為快速和*，后再用50%酒精循環沖洗1-2遍，即可完成整個清洗過程。在管路清洗結束之后，將70%酒精溶液充滿樣品罐和管路，以備下次使用。若是需要對整個管路滅菌處理，則在清洗結束之后，對管路進行10min左右的熱蒸汽循環滅菌。
后，納米級均質機關機、切斷電源，關氣源和冷卻水等。
5.納米級均質機注意事項
5.1納米級均質機均質壓力
均質壓力應根據料液的特性決定，提升壓力的過程中其壓力應逐步調節，避免壓力突變。均質過程中，物料均質壓力一般不得超過2000bar，超負荷運轉時，設備可短暫的超壓20%運行，此后控制箱電路會自動開啟切斷保護功能使設備停止運行，30秒之后即可再次開機和工作。若是在均質過程中出現壓力無法上升的情況，表明上單向閥堵塞，只需用細鐵絲通球閥即可。
5.2樣品回流、倒噴
均質過程中，應注意管路中樣液流出管路的狀態，若是出現回流或是倒噴，表明下單向閥堵塞，只需拆卸下單向閥，疏通閥孔即可。
5.3液體泄漏
高壓均質機的整個樣品通路中沒有o-型圈或是墊片，所有的面密封均為精密加工的金屬對金屬或是金屬對陶瓷的密封，一般不會出現液體泄漏現象。但若是安裝不當，如樣品罐與單向閥扣合不*、某一組件拆卸后未安裝好則會導致漏液，此時只需檢查管路并嚴格按照安裝手冊要求將各個組件正確安裝即可。此外，在加氣加壓沖洗樣品通路時，若是樣品罐未*蓋好，則會出現液體因氣壓作用沖出樣品罐而導致樣液漏出，此操作不會影響均質過程，但會弄臟整個外部管路，影響機器美觀及維護，若是樣品有毒有害則會危污染操作環境及操作人員，此時只需*旋緊樣品罐后再加氣加壓沖洗樣品通路即可避免上述現象的發生。
5.4樣品含有氣泡或走空
采用動態均質閥的高壓均質機，允許樣品含有氣泡或是樣品走空。樣品含有氣泡或走空時，在均質過程中使得均質閥桿和閥座產生一定程度的碰撞，對閥桿和閥座有較大的磨損，尤其是對于手動調節的均質閥，不僅易造成均質閥磨損，甚至會直接導致均質閥的碎裂而無法使用，此外還會使得均質過程中產生極大的噪音。動態均質閥則會較好地減小其破壞性和噪音，但是一般建議盡量避免長期使用含有大量的氣泡樣品和管路中樣品走空情況的出現，可有效延長均質閥的使用壽命。
5.5納米級均質機冷卻水
樣品冷卻方式采用逆流換熱，即換熱器下端接進水口，上端接出水口，即可實現有效制冷。